RRNA endonukleáz - RRNA endonuclease
| RRNA endonukleáz | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| azonosítók | |||||||||
| EK-szám | 3.1.27.10 | ||||||||
| CAS-szám | 1407-48-3 | ||||||||
| adatbázisok | |||||||||
| IntEnz | IntEnz nézet | ||||||||
| BRENDA | BRENDA bejegyzés | ||||||||
| ExPASy | NiceZyme nézet | ||||||||
| Kegg | KEGG bejegyzés | ||||||||
| MetaCyc | anyagcsere út | ||||||||
| priam | profil | ||||||||
| PDB struktúrák | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
| |||||||||
rRNS endonukleázzal ( EC 3.1.27.10 , alfa-szarcin ) egy enzim, amely katalizálja a hidrolízist , a foszfodiészter-kötés közötti guanozin és adenozin maradékok egy specifikus pozícióban a 28S rRNS a patkány riboszómák . Ez az enzim a baktérium- rRNS-re is hat .
Az Aspergillus giganteus penész által termelt riboszómát inaktiváló fehérje , az alfa-szarcin hasítja a riboszómális RNS azon részét, amely a kis riboszómális szubsztrátot képezi. Az alfa-szarcin nagyfokú specifitása és a hasítás hatékonysága a tanulmány tárgya, és ez a protein nagyon magas toxicitási szintjét is magyarázza.
Szerkezet
Úgy gondolják, hogy az tirozin aminosav az alfa-szarcin aminosav-szekvenciája mentén lehetővé teszi a specifitást, amikor az alfa-szarcin kötődik az rRNS-hez. Ezt a kötődést a tirozin aminosavban található alkoholcsoport teszi lehetővé. Ezt olyan tesztekben határoztuk meg, amelyek eltávolították az alkoholcsoportot, a tirozint fenilalaninnal helyettesítve , és a kötési affinitás jelentősen csökkent. Az alfa-szarcint előállító DNS régió erősen konzerválódott, a megfelelő szekvenciával együtt a megcélzott riboszómán. A megcélzott riboszóma megfelelő szekvenciája egy guanin nukleotid körül helyezkedik el, amely az úgynevezett "bulged-G motívum" -on található.
sajátosság
Az alfa-szarcin figyelemre méltó hasítási specifitása. Egyetlen kötéssel lép kölcsönhatásba a megcélzott riboszómában, és megszakítja azt, ami a riboszóma inaktiválódását okozza. A kérdéses kötés az rRNS szarcin / ricin hurkában (SRL) belüli foszfodiészter kötés. Az RNS SRL régióját elnevezték az azt célzó alfa-szarcin toxin alapján. A megcélzott kötés az RNS GAGA tetraloopjában, a guanin és az adenin nukleotid között helyezkedik el. Más ribotoxinok is hasítják a riboszómák RNS-ét, azonban sokkal több hasítási pont is létezik, ami sokkal kevésbé specifitást jelez.
Az alfa-szarcin olyan specifikus, hogy az alfa-szarcin képes felismerni a riboszóma SRL szegmensét a riboszóma többi része nélkül. A SRL-k egymástól függetlenül hajtogatnak, ugyanolyan struktúrát hozva létre, mint amikor riboszómában vannak. Ez megerősíti azt az elgondolást, hogy az alfa-szarcin affinitása a riboszóma ezen specifikus régiója iránt az okozza, hogy a kettő kötődjön és reagáljon. A kulcsfelismerő nukleotid a riboszómán egy guanin nukleotid, amely hat nukleotidot tartalmaz a hasítási helytől felfelé (ez megegyezik a fent említett "g-bulge" régióval).
A reakció feltételei
A felismerést és a bomlást lehetővé tevő feltételek között szerepel a környezet sótartalma. A megnövekedett sókoncentráció fokozza a versenyt az alfa-szarcin elérése érdekében a "G-duzzanatért". Ennek oka az alfa-szarcin aminosavainak kationos oldalláncai és a riboszóma lánc foszfátjai közötti elektrosztatikus kölcsönhatások. Több só zavarja e két kölcsönhatást.
A SRL hasítási reakció teljes sebességi állandója másodrendű (k2 / K1 / 2 108M-1s-1). Ez azt jelenti, hogy a reakciósebesség közvetlenül arányos a négyzetben lévő reagens koncentrációival. A sebesség úgy tűnik, hogy nem függ a fizikai lépésektől, azaz a két molekula, amely képes oldatban megtalálni egymást, nem befolyásolja azt, hogy milyen gyorsan reagáljanak. Ezt úgy határoztuk meg, hogy megfigyeltük a reakció sebességét változó viszkozitás mellett. A termékek disszociációja, a két molekula elválasztása szintén nem befolyásolja a sebességet. Javasoljuk, hogy a SRL hasadási sebesség-meghatározási lépése a foszfodiészter-kötés kémiai hasításán keresztül történjen.
Miután az alfa-szarcin hasította a riboszómát, a kapott P1 és P2 darabokat tovább hasítják, különös affinitással az A és G helyekkel szemben. Ennek a későbbi hasításnak azonban sokkal alacsonyabb a reakciósebessége.4 Ez alátámasztja azt az elképzelést, hogy az alfa-szarcin az RNS összehajtogatott szerkezetétől függ az felismerés és a hasítás szempontjából, de nem feltétlenül a molekula többi részétől. A GA szekvenciát tartalmazó hajtogatott ssRNS hasítási sebessége háromszor kisebb, mint a teljes és hajtogatott SRL szekvencia.
Irodalom
Külső linkek
- RRNA + endonukleáz az Egyesült Államok Nemzeti Orvostudományi Könyvtárának Orvosi alanyokban (MeSH)
