Előzetes költségvetési tervezet PDBsum
Tartalom | |
---|---|
Leírás | A Protein Data Bank szerkezeteinek áttekintése. |
Az adattípusok elfogott |
Fehérje szerkezetek |
Szervezetek | összes |
Kapcsolatba lépni | |
Kutatóközpont | Európai Bioinformatikai Intézet (EBI) |
Szerzői | Roman Laskowski és társai. (1997) |
Elsődleges idézet | PMID 9433130 |
Hozzáférés | |
Weboldal | www |
Vegyes | |
Könyvjelzővel ellátott entitások |
Igen |
A PDBsum egy olyan adatbázis, amely áttekintést nyújt a Protein Data Bankban elhelyezett minden egyes 3D makromolekuláris szerkezet tartalmáról . Az adatbázis eredeti változatát 1995 körül Roman Laskowski és a University College London munkatársai fejlesztették ki . 2014-től a PDBsumot Laskowski és munkatársai fenntartják Janet Thornton laboratóriumában az Európai Bioinformatikai Intézetben (EBI).
A PDBsum adatbázis minden struktúrája tartalmaz egy képet a struktúráról (fő nézet, alulnézet és jobb oldali nézet), a komplexben található molekulakomponenseket (szerkezet), adott esetben az enzim reakció diagramját, a gén ontológia funkcionális hozzárendelését, a Pfam által jegyzett 1D szekvenciát és InterPro domén hozzárendelések, a kötött molekulák leírása és a fehérje és a másodlagos szerkezet közötti kölcsönhatások ábrázolása, a fehérje – fehérje kölcsönhatások sematikus diagramjai, a struktúrában található hasadékok elemzése és linkek külső adatbázisokhoz. A RasMol és a Jmol molekuláris grafikus szoftvereket használják a molekulák 3D-s nézetének és kölcsönhatásainak biztosítására a PDBsum-on belül.
Az 1000 Genomes Project 2012. októberi megjelenése óta a projekt által azonosított összes aminosav-variánst feltérképeztük a Protein Data Bank megfelelő fehérjeszekvenciájára. Ezek a változatok a PDBsum-on belül is megjelennek, kereszthivatkozva a vonatkozó UniProt azonosítóval. A PDBsum számos fehérje struktúrát tartalmaz, amelyek érdekesek lehetnek a struktúrán alapuló gyógyszertervezés szempontjából . A PDBsum egyik ága, a DrugPort néven ezekre a modellekre összpontosít, és összekapcsolódik a DrugBank kábítószer-cél adatbázisával.
Lásd még
Hivatkozások
Külső linkek
- Laskowski RA, Thornton JM. "PDBsum kezdőlap" . Európai Bioinformatikai Intézet.