Ribotipizálás - Ribotyping

A ribotipizálás a baktériumok azonosítására és jellemzésére szolgáló molekuláris technika, amely rRNS-alapú filogenetikai elemzésekből származó információkat használ fel. Ez egy gyors és specifikus módszer, amelyet széles körben alkalmaznak az élelmiszerekben, a vízben és az italokban található mikrobaközösségek klinikai diagnosztikájában és elemzésében.

Minden baktériumnak vannak riboszomális génjei , de a pontos szekvencia az egyes fajok esetében egyedi, genetikai ujjlenyomatként szolgál. Ezért az adott 16S gén szekvenálása és összehasonlítása adatbázissal az adott faj azonosítását eredményezné.

Technika

A ribotipizálás magában foglalja a bakteriális genomi DNS emésztését specifikus restrikciós enzimekkel . Minden restrikciós enzim egy meghatározott nukleotidszekvencián vágja le a DNS-t, így különböző hosszúságú fragmenseket eredményez.

Ezeket a fragmenseket ezután gélelektroforézissel futtatják , ahol méretük szerint elválasztják őket: az elektromos tér alkalmazása a gélen, amelyben szuszpendálva van, a DNS-fragmensek (mindezt foszfátcsoportok jelenléte miatt negatív töltésű) mozgását okozza. egy mátrix a mező pozitív töltésű vége felé. A kis töredékek könnyebben és gyorsabban mozognak a mátrixon, nagyobb távolságot érnek el a kiindulási helytől, mint a nagyobb töredékek.

A gélmátrixban történő elválasztást követően a DNS-fragmenseket nejlonmembránokra helyezzük, és hibridizáljuk egy jelzett 16S vagy 23S rRNS próbával. Ily módon csak az ilyen rRNS-t kódoló fragmentumok vizualizálhatók és elemezhetők. Ezután a mintát digitalizálják, és a DNS eredetének azonosítására használják a számítógépes adatbázisban található referencia organizmusokkal történő összehasonlítással.

Fogalmilag a ribotipizálás hasonló a kromoszóma DNS restrikciós fragmenseinek klónozott próbákkal történő teszteléséhez (véletlenszerűen klónozott próbák vagy egy adott kódoló szekvenciából, például virulencia faktor szekvenciájából származó próbák ).

Lásd még

Hivatkozások