Shine - Dalgarno sorozat - Shine–Dalgarno sequence

A Shine-Dalgarno ( SD ) szekvenciát egy riboszomális kötőhelyet a bakteriális és archaeal hírvivő RNS , általában körül elhelyezkedő 8 bázis upstream a startkodon augusztus Az RNS-szekvencia segít toborozni a riboszóma a hírvivő RNS (mRNS), hogy kezdeményezzen fehérjeszintézist igazítja a riboszóma startkodonjával. A toborzás után a tRNS hozzáadhat aminosavakat a kodonok által diktált sorrendben, a transzlációs kezdőhelytől lefelé haladva.

A Shine – Dalgarno szekvencia gyakori a baktériumokban , de ritkább az archaeában . Néhány kloroplaszt és mitokondriális átiratban is jelen van . A hat bázisú konszenzus szekvencia az AGGAGG ; például az Escherichia coli -ban a szekvencia AGGAGGU, míg a rövidebb GAGG dominál az E. coli vírus T4 korai génjeiben .

A Shine – Dalgarno sorozatot John Shine és Lynn Dalgarno ausztrál tudósok javasolták .

Elismerés

Fordítás kezdő oldalak

Hunt, Shine és Dalgarno által kifejlesztett módszerrel kimutatták, hogy az E. coli 16S riboszómális RNS (rRNS) 3 'végén lévő nukleotid traktus (azaz a vég, ahol a transzláció kezdődik) pirimidinben gazdag és specifikus Y szekvenciával rendelkezik ACCUCCU UA . Azt javasolták, hogy ezek a riboszómális nukleotidok ismerjék fel a komplementer, purinban gazdag AGGAGGU szekvenciát , amely az AUG indító kodon előtt található számos mRNS-ben, amelyek E. colit érintő vírusokban találhatók . Sok tanulmány megerősítette, hogy az mRNS -ben lévő Shine -Dalgarno szekvencia és a 16S rRNS 3 'vége közötti bázispárosítás elsődleges fontosságú a bakteriális riboszómák által történő transzláció elindításához.

Tekintettel az rRNS és a Shine-Dalgarno szekvencia közötti komplementer kapcsolatra az mRNS-ben, azt javasolták, hogy az rRNS 3'-végén lévő szekvencia határozza meg a prokarióta riboszóma azon képességét, hogy egy adott gént le tud fordítani egy mRNS-ben. Az rRNS 3'-vége és a Shine-Dalgarno szekvencia közötti bázispárosodás az mRNS-ben olyan mechanizmus, amellyel a sejt meg tudja különböztetni az iniciátor AUG-ket és a belső és/vagy kereten kívüli AUG szekvenciákat. A bázis párosítás mértéke szintén szerepet játszik a különböző AUG iniciátor kodonok iniciálási sebességének meghatározásában.

Fordítás befejezése

1973-ban Dalgarno és Shine azt javasolták, hogy az eukariótákban a kicsi 18S rRNS 3'-vége szerepet játszhat a fehérjeszintézis befejezésében azáltal, hogy komplementer bázispárosítást végez terminációs kodonokkal. Ez abból a megfigyelésükből származik, hogy a Drosophila melanogasterből , a Saccharomyces cerevisiae -ből és a nyúlsejtekből származó 18S rRNS 3 'terminális szekvenciája azonos: GAUCAUUA -3'OH. E szekvencia megőrzése az ilyen távolról rokon eukarióták között azt jelentette, hogy ez a nukleotid traktus fontos szerepet játszott a sejtben. Mivel ez a konzervált szekvencia mindhárom eukarióta terminációs kodon (UAA, UAG és UGA) komplementjét tartalmazta, azt javasolták, hogy szerepe legyen az eukarióták fehérjeszintézisének befejezésében. A 16S rRNS 3 'végének hasonló szerepét az E. coli terminációs hármasok felismerésében Shine és Dalgarno javasolta 1974-ben, a 16S rRNS-ben lévő 3'-terminális UUA-OH és az E. coli termináció közötti komplementaritási kapcsolatok alapján kodonok. Az F1 fágban , a baktériumokat megfertőző vírusok osztályában az első néhány aminosavat kódoló szekvencia gyakran tartalmaz terminációs hármasokat a két fel nem használt olvasási keretben. A cikkhez fűzött megjegyzésben megjegyeztük, hogy a 16S rRNS 3'-terminálisával történő komplementer bázispárosítás a peptidkötés képződésének megszakítására szolgálhat a fázison kívüli iniciálás után.

Szekvencia és fehérje expresszió

A mutációk a ShineDalgarno szekvencia csökkentheti vagy növelheti fordítás prokarióták. Ez a változás a csökkent vagy megnövekedett mRNS-riboszóma párosítási hatékonyságnak köszönhető, ezt bizonyítja az a tény, hogy a 3'-terminális 16S rRNS szekvencia kompenzáló mutációi helyreállíthatják a transzlációt.

Lásd még

Hivatkozások

További irodalom

  • Voet D és Voet J (2004). Biokémia (3. kiadás). John Wiley és Sons Inc. 1321–1322. És 1342–1343.
  • Hale WG, Margham JP, Saunders VA eds (1995) Collins Dictionary of Biology, (2. kiadás) Shine-Dalgarno (SD) szekvencia. 565. o.
  • Lewin, B. (1994) Genes V. Oxford University Press. 179., 269. o.
  • Alberts B, Bray D, Lewis J, Raff M, Roberts K, Watson JD (1994) The Molecular Biology of the Cell (3. kiadás) 237., 461. o.
  • Malys N, McCarthy JE (2011). "Fordítás kezdeményezése: a mechanizmus változásaira lehet számítani". Sejt- és molekuláris élettudományok . 68 (6): 991–1003. doi : 10.1007/s00018-010-0588-z . PMID  21076851 . S2CID  31720000 .
  • Cicek Mustafa, Mutlu Ozal, Erdemir Aysegul, Ozkan Ebru, Saricay Yunus, Turgut-Balik Dilek (2013). "Az egyetlen mutáció Shine-Dalgarno-szerű szekvenciában, amely a Plasmodium laktát-dehidrogenáz aminosavában található, befolyásolja a prokarióta rendszerben kifejezett eukarióta fehérje termelését". Molekuláris biotechnológia . 54. (2): 602–608. doi : 10.1007/s12033-012-9602-z . PMID  23011788 . S2CID  45230872 .CS1 maint: több név: szerzői lista ( link )

Külső linkek