Az Állami Tanács megállapodása és felhatalmazása szerint az iroda átveszi a tárgyalások és a megállapodások előkészületeit, amelyeket a szárazföldi Kína "tajvani hatóságokkal" (azaz a Kínai Köztársaság kormányával és annak felhatalmazott kormányzati szervezeteivel) nevez . Az ügynökség adminisztrálja és koordinálja a Tajvani -szoroson keresztül történő közvetlen kapcsolatokat a postai úton, a szállításban és a kereskedelemben , átveszi a Tajvannal kapcsolatos médiát és nyilvánosságot , cenzúrázza és közzéteszi a tajvani ügyekkel kapcsolatos híreket és információkat, valamint kezeli a Tajvannal kapcsolatos fontosabb eseményeket.
A Tajvani Ügyek Tanácsa felelős továbbá a Tajvannal kapcsolatos gazdasági kapcsolatok és kereskedelem átfogó tervezésével, valamint a pénzügyek, a kultúra, a tudományos kutatás , a sport, a tudomány és a technológia, az egészségügy stb. . Emellett irányítja a két fél közötti személyzetcserét, megfigyeléseket és szimpóziumokat, valamint a Tajvannal kapcsolatos nemzetközi konferenciákon folyó munkát.
A Tajvani Ügyek Irodájának tagjai egyszerre tagjai a Kínai Kommunista Párt Központi Bizottságának és a Tajvani Munkaügyi Hivatalnak. Ez utóbbi címet akkor használják, amikor a tajvani tisztviselőkkel pártok között foglalkoznak.