FourU hőmérő - FourU thermometer
| FourU | |
|---|---|
 A FourU RNS hőmérők konszenzusos másodlagos szerkezete. A vörös szín a legmagasabb szintű nukleotidmegmaradást jelzi .
| |
| Azonosítók | |
| Szimbólum | FourU |
| Rfam | RF01795 |
| Egyéb adatok | |
| RNS típus | RNS hőmérő |
| Domain (ek) | Szalmonella ; |
| PDB struktúrák | PDBe |
A FourU hőmérők a Salmonellában található nem kódoló RNS hőmérők egy osztálya . A „FourU” nevet kapják a négy erősen konzervált uridin- nukleotid miatt, amelyek közvetlenül a Shine-Dalgarno szekvenciával szemben találhatók a II . Hajtűn (a képen ). Az RNS hőmérők , mint például a FourU , sok prokariótában szabályozzák a hőmérsékletet hősokk fehérjéken keresztül . A FourU hőmérők viszonylag kicsi RNS-molekulák, mindössze 57 nukleotid hosszúak, és egyszerű két hajtűvel rendelkeznek.
FourU találhatók a 5' nem transzlálódó régiót a gén számára hősokk-fehérje Salmonella agsA , ezek elnyomják fordítását e protein által bázispárok a Shine-Dalgarno-szekvencia a gén mRNS . Ez megakadályozza riboszómák kötődését a startkodon a gén.
A Salmonella és az E. coli htrA (magas hőmérséklet követelmény) gének 5'UTR -jében is megtalálhatók .
Az V. cholerae-ban a toxU 5 ' -os négyU hőmérője szabályozza annak hőmérsékletfüggő transzlációját. Emberi testhőmérsékleten kinyílik a hőmérő szerkezete, és lehetővé teszi a transzkripciós aktivátor fehérje ToxT transzlációját, megkönnyítve az V. cholerae virulenciát.
Más ismert RNS hőmérők közé tartozik a ROSE elem és a Hsp90 cis-reg elem .
Válasz a hőmérsékletre
A hajtű II a FourU másodlagos szerkezetének dinamikus jellemzője . Konformációs változáson megy keresztül, ha 45 ° C feletti hőmérsékletnek van kitéve, és a hőmérséklet emelkedésével egyre párosabb lesz. Hajtű I, ellentétben, továbbra is stabilan bázispárokat in hőmérséklet olyan magas, mint 50 ° C, ami azt jelenti, a szerkezeti eltolódás a hajtű II módon zárt helyzetből nyitott lehet fontos szerepe hősokk választ. Egy későbbi tanulmány a mutáns elemzést és az entalpia és entrópia számításait alkalmazta a FourU hajtű II kooperációs cipzár típusú kibontási mechanizmusának alátámasztására a hőmérséklet emelkedésére reagálva.
Sigma faktor együttműködés
A többi RNS hőmérőhöz hasonlóan a FourU sem kizárólag a szomszédos gén hőmérsékletfüggő expressziójáért felelős. Ehelyett egy szigma faktorral (σ 32 ) együtt működik, amelyről ismert, hogy sok más gént is szabályoz. Sigma faktor-RNS hőmérővel kombinációk Azt találtuk, hogy szabályozni más hősokk-gének (mint például a ibpA az E. coli ), amely ahhoz vezetett, hogy a spekuláció feltáratlan RNS hőmérők mellett működő szigma faktor modulokat szabályozására más, rokon gének egy további ellenőrzési szintet . További spekulációk azt sugallják, hogy a bonyolultabb szigmafaktor -transzkripciós szabályozás előtt kifejlődhetett a génszabályozás egyszerűbb RNS -hőmérő -módszere .
agsA függvény
Az agsA gént, amelyet FourU hőmérők szabályoznak, először a Salmonella enterica -ban fedezték fel . A gén által kódolt fehérje egy kicsi hősokk -fehérje (sHSP), amely megvédi a baktériumokat a fehérjék visszafordíthatatlan aggregációjától , és elősegíti azok újrahajtogatását . A mutáns analízis megerősítette az agsA jelentőségét: a gént és egy promótert tartalmazó plazmid növelte a hőérzékeny mutáns fenotípus túlélési arányát a magas hőmérsékleten végzett fehérjeaggregáció orvoslásával. Hasonló funkciója van, mint a humán chaperon α-kristálynak .
Lásd még
Hivatkozások
További irodalom
- Vogel J (2009. január). "Durva útmutató a Salmonella nem kódoló RNS világához". Molekuláris mikrobiológia . 71. (1): 1–11. doi : 10.1111/j.1365-2958.2008.06505.x . PMID 19007416 . S2CID 205366563 .
- Jin H, Zhao Q, Gonzalez de Valdivia EI, Ardell DH, Stenström M, Isaksson LA (2006. április). "Befolyások a Shine-Dalgarno szekvencia in vivo génexpressziójára". Molekuláris mikrobiológia . 60 (2): 480–492. doi : 10.1111/j.1365-2958.2006.05110.x . PMID 16573696 . S2CID 5686240 .
- Chowdhury S, Ragaz C, Kreuger E, Narberhaus F (2003. november). "Hőmérséklet-szabályozott szerkezeti változások egy RNS hőmérőben" . The Journal of Biological Chemistry . 278 (48): 47915–47921. doi : 10.1074/jbc.M306874200 . PMID 12963744 .
- Kaempfer R (2003. november). "RNS szenzorok: a génexpresszió új szabályozói" . EMBO jelentések . 4 (11): 1043–1047. doi : 10.1038/sj.embor.embor7400005 . PMC 1326375 . PMID 14593443 .